Zgodnie ze stanowiskiem KE do limitu cross-financingu wlicza się sumę kosztów bezpośrednich, oznaczonych jako koszty mieszczące się w limicie cross-financingu oraz naliczonych od nich, zgodnie z przyjętą stawka ryczałtową, kosztów pośrednich.
Zmiana w systemie MEWA 2.0 implementująca powyższy sposób wyliczenia została wdrożona dla wszystkich dotychczas ogłoszonych i planowanych do ogłoszenia naborów, w których finansowanie pochodzi z EFS+.
W związku z powyższym, w sytuacji objęcia limitem cross-financing przynajmniej jednego z wydatków bezpośrednich projektu, wnioskodawca będzie zobligowany do dodania dodatkowego kosztu pośredniego dotyczącego limitu cross-financingu. Dla projektów, które zostały złożone przed wprowadzeniem tej zmiany, obowiązek dodania dodatkowego kosztu pośredniego pojawi się w momencie odebrania pierwszego zadania w systemie MEWA 2.0 umożliwiającego edycję wniosku o dofinansowanie.